De organisatie van de kerkprovincie is vastgelegd in de Kerkorde. Deel van deze Kerkorde is de "Churchorder" van de Unitas Fratrum.
Het hoogste bestuursorgaan van de kerkprovincie is de Synode. Zij komt elke twee jaar bij elkaar en verenigd afgevaardigden van gemeenten, gemeenschappen, diaconale instellingen, scholen en bedrijven. De Synode legt de principes van het kerkelijk leven vast en bepaalt de strategie voor de komende jaren. Voor elke Synodezitting kiest de Synode een bestuur. Op dit moment bestaat het Synodebestuur uit Jacqueline Helstone, Amsterdam; Johannes Näumann, Potsdam; dr. Peter Vogt, Herrnhut. De volgende Synodezitting vindt plaats van 8 tot en met 15 juni 2024 in Herrnhut.
De synode kiest het Provinciaal Bestuur (de kerkleiding). De leden van het Provinciaal Bestuur werken op drie verschillende standplaatsen, waar ook de administratie van de provincie is gevestigd: Herrnhut (D), Bad Boll (D) en Zeist (NL).
De standplaats in Zeist is tevens het centrale kantoor van de Evangelische Broedergemeente in Nederland. Hier werken:
lid Provinciaal Bestuur
Financieel- en salarisadministrateur /consulent gemeentefinanciën
referent opleidingen
procesmanager
De zelfstandige gemeenten ontvangen door de Synode hun kerkelijke rechten en zijn zelfstandige rechtspersonen. Zij worden geleid door de predikant(en) en de Oudstenraad. De Oudstenraad wordt door de gemeente gekozen. Predikanten worden door het Provinciaal Bestuur benoemd. Naast de zelfstandige gemeenten zijn er nog de diasporawerkgroepen. Hun werk wordt gecoördineerd door de Raad voor Diaspora.